A resposta às alterações climáticas é um dos pilares deste PEGA. Estão projetadas quatro bacias de retenção, distribuídas por cada um dos municípios envolvidos, garantindo um volume de armazenamento de 49 mil metros cúbicos em caso de cheias ou fenómenos extremos. O presidente da APA reforça a necessidade de "dar espaço ao rio, minimizar os efeitos das cheias", notando que "os rios precisam de ter espaço, no evento de haver mais águas precisam de espraiar".
O restauro ecológico abrangerá ainda a remediação de 49 mil metros cúbicos de área contaminada e a reparação da vegetação ripícola. O combate à poluição exige também intervenções profundas no tratamento de efluentes, estando previstas obras nas Estações de Tratamento de Águas Residuais (ETAR) de Moreira e Ermesinde, seguidas pela estrutura de Parada, que será dotada de "tecnologia inovadora, do mais atual que há para tratar águas residuais".
Este modelo de gestão, considerado pelo presidente da APA como "um instrumento, o primeiro em Portugal, com um olhar mais detalhado", servirá "quase como ensaio" para futuras intervenções no país. O financiamento desta operação será assegurado por várias frentes, desde o Fundo Ambiental a verbas comunitárias e contributos dos próprios municípios, sendo a divisão "relativamente equilibrada", à exceção de Matosinhos, uma vez que a autarquia já avançou com "alguns dos investimentos estruturantes que poderiam ser enquadrados no PEGA".